В настоящее время Балтийская государственная академия представляет собой академический комплекс многоуровневой подготовки специалистов и включает в себя: Морской лицей, собственно Академию и Институт повышения квалификации моряков и Институт профессиональной педагогики. На базе вуза успешно работают специализированные Ученые советы по защите кандидатских и докторских диссертаций.

Семь факультетов и двадцать три кафедры ведут подготовку командных кадров по 12 специальностям для работы на судах рыбопромыслового флота, в транспортной отрасли, в сферах связи и коммуникаций, в структурах, обеспечивающих безопасность жизнедеятельности.

Гордостью академии является принадлежащей ей всемирно известный и один из самых больших в мире четырехмачтовый парусник «Крузенштерн», который был передан вузу в 1991 году. Построенный в 1926 году, он по праву является «визитной карточкой» учебно-парусного флота России. Несмотря на свой солидный возраст, барк находится в хорошем техническом состоянии, оснащен самым современным навигационным оборудованием и приборами, имеет прекрасные бытовые условия для экипажа.

В академии сложился высококвалифицированный преподавательский коллектив (более 200 человек), из них: 18 академиков и членов-корреспондентов общественных академий наук, более 20 докторов наук и профессоров, около 140 кандидатов наук. Подготовка научно-педагогических кадров осуществляется в аспирантуре и докторантуре по 11 специальностям.

При академии успешно работает единственный в Северо-Западном регионе России докторский диссертационный совет по специальности «Теория и методика профессионального образования», который возглавляет доктор педагогических наук, профессор Бокарева Г.А. За 7 лет в совете успешно защищено 56 диссертации, из них 16 – докторские.

В Академии есть все условия для того, чтобы в её стенах получить или повысить образование.